新風系統的功能除通風換氣以外，它最重要的功能就是過濾空氣中的污染物，因此新風系統的過濾網是整個系統中最為重要的一環。根據等級、原理、材質，新風系統的過濾網類型可進行如下劃分：

一般新風系統過濾網可分為三個層次，即初效過濾網、中效過濾網及高效過濾網。

1.初效過濾網：過濾室外大顆粒粉塵和蟲子等物質。

2.中效過濾網：過濾室外花粉等小顆粒物質。

3.高效過濾網：即HEPA過濾網，可過濾絕大多數0.3微米以上的灰塵。

在新風系統當中，初效、中效、高效過濾網一般不單獨使用，而是兩種或三種配合使用。裝配兩層以上過濾網的新風系統，以達到更好的過濾效果。

在目前最常見的過濾原理分為兩種，一是物理過濾法，二是靜電過濾法。

1.物理過濾：過濾材料常見的從G1到H13不同級別，級別越高風阻越大，過濾越徹底，價格也越貴。

2.靜電集塵：PM2.5的過濾效果佳、風阻小，不用頻繁更換過濾網。缺點是不可避免的要產生臭氧，而臭氧達到一定含量的時候對身體是有害的。所以靜電集塵對臭氧產生量要求必須嚴格，一定要選擇符合國家標準、質量過關的產品。

目前在新風系統當中采用最多的是物理過濾法，過濾網需定時更換，否則不能達到良好的過濾效果。靜電集塵法正處于普及階段，一些大的廠家，已經研發出或正在研發相關功能，預計近幾年該種過濾方式會獲得廣泛應用。